Jedino naselje na otoku također se naziva Kaprije

Kaprije je otok smješten na središnjem dijelu šibenskog otočja. Smješten je oko 15 kilometera jugozapadno od Šibenika, površine je 7,11 km2 i ukupne duljine obale 25,211 km kojoj je indeks razvedenosti 2,56. Jedino naselje na otoku također se naziva Kaprije koje okružuju brežuljci od kojih je najviši Velika glavica (129 m). Nazvan je po mediteranskoj biljci kapara, čiji pupoljci služe kao začin.[3] Od susjednih otoka ga dijele morski prolazi i kanali, kao i akvatorij Murterskoga mora. Sjeveroistočnije se nalaze Prvić, Tijat i Zmajan (Orut) s manjim otočićima, od kojih je dijeli Kaprijski kanal, jugozapadnije je smješten otok Žirje s pripadajućim otočićima od kojih je dijeli Žirjanski kanal, a od Kakana (na zapadu) ga dijeli Kakanski kanal, u kojem su otočići Borovnjak Mali i Borovnjak Veliki.

Uvale:
Na otoku Kapriju nalazi se oko 20 uvala, najpoznatije su:

• Luka sv.Petra (Luka Kaprije) je glavna i najveća uvala na otoku u kojoj je smješten priobalni dio naselja Kaprije. U njoj se nalazi pristanište trajekta i vezovi. Najdublja točka je oko 15 metara.
• Mala Nozdra je uvala smještena jugoistočno od naselja Kaprije. Uvala je nenaseljena no postoji restoran i vezovi za jahte. Od Kaprija do Nozdre uređen je put.
• Velika Nozdra
• Gračice (Gačice)
• Remetić

Klima
Područje Kaprija, ali i cijeloga šibenskog otočja, prema statističkim pokazateljima osnovnih klimatskih elemenata obilježava Csa tip klime (sredozemna klima sa suhim vrućim ljetom ili klima masline) prema Köppenu, odnosno subhumidna ili poluvlažna klima prema Thornthwaiteovoj klasifikaciji. Osnovna klimatska obilježja i prevladavajući vremenski tipovi najvećim se dijelom uklapaju u klimatsko-meteorološke obrasce hrvatskog Jadrana. Na Kapriju nema mjernih postaja pa se zaključci o klimi otoka mogu donijeti na temelju usporedne analize meteoroloških podataka iz glavnih meteoroloških postaja u Zadru i Šibeniku, klimatoloških postaja u Biogradu, Božavi i Veloj Sestrici te kišomjernih postaja na Bapcu, u Brbinju, Pirovcu, Primoštenu, Rogoznici, Salima, Sukošanu, Ugljanu, Velom Ižu, Vodicama i Zlarinu.

Prosječna je godišnja dužina trajanja sijanja Sunca, odnosno insolacija, oko 2600 sati, po čemu ovaj prostor pripada najosunčanijim dijelovima Sredozemlja. Prosječno je tijekom godine svaki treći dan vedar (naoblaka je manja od 2/10). Prosječna je naoblaka zadarsko-šibenskog primorja od 3,5 desetina neba (Božava) do 4,8 desetina neba (Šibenik). Već ove činjenice, naravno, u skladu sa svim drugim relevantnim klimatskim pokazateljima, upućuju na mogućnosti turističke valorizacije tijekom većeg dijela godine, posebno za one turiste koje hrvatsko priobalje privlači radi blage i ugodno tople klime. Značenje je velike insolacije, dakako, osobito veliko za razvoj sredozemnoga biljnog pokrova, o čemu, uz ostalo, ovisi uzgoj maslina i vinove loze, glavnih otočnih kultura. Godišnji hod temperature zraka je prijelazni maritimno-kontinentalni, jer je godišnja amplituda temperature zraka između 15 °C i 20 °C.

Povijest
Otok je u 14. stoljeću bio u posjedu obitelji Ljubić, a od 1500. godine pripadao je šibenskoj plemićkoj obitelji Divić (Difnico). Prvo naseljavanje na Kaprije je počelo u 15. stoljeću, a u 16 st. čak i više zbog najezde Turaka, pa su ljudi s kopna tražili utočiste na otocima. Prvu studiju o ovim otocima napisao je svećenik P. Kaer koji je iscrpno pisao o obiteljima Jelovčić i Radovčić, koje su se na Kaprije, tada još u vlasništvu obitelji Divnić (Difnico), doselile početkom 16. st. U to doba Kaprije je bilo važno zbog vapna. Tako je, primjerice, 1560. za potrebe izgradnje šibenskog lazareta na Kapriju proizvedeno 50 modija vapna. Najviše se vadilo u Medošu, u blizini rta Kaprije. U mjestu se nalazi crkva sv. Petra sagrađena na prijelazu XVI. i XVII. stoljeća, proširena 1801.g.

Drugi svjetski rat
Kaprije je za vrijeme II. svjetskog rata bilo okupirano od strane fašista. Njihova baza se nalazila na susjednom otoku Kakan u uvali Tratica gdje se još i danas nalaze zgrade, bunkeri, izvidnice i sl. Mnogi Kaprijani su tad krenuli u obranu zemlje i mnogi su pritom poginuli. Danas se na središnjem trgu nalazi spomenik svim palim borcima. Dana 22. ožujka 1944. blizu sjeverne punte Kaprija usidrio se njemački vojni brod Francesca da Rimini. Bio usidren barem pedesetak metara od obale, brod je bio usidren zbog kvara na motorima, te je bio maskiran slamom, tako da je izgledao kao produžetak punte. Toga dana, vjerojatno na dojavu Partizana sa Žirja, potopljen je. Danas brod leži na dubini od 55 metara uz sjevernu puntu Kaprija i atraktivna je lokacija za ronjenje.

Domovinski rat
Kaprije za vrijeme Domovinskog rata nije pritrpio nikakvu štetu ni razaranja no njegovi stanovnici su pomagali Žirjanima. Prenosili su granate na otoku Žirju, od njih se kasnije stvorila momčad kaprijskog topa te pomagali su gasiti požare 18.9.1991. koji su nastali zbog raketiranja sela Žirje.

Promet i povezanost s kopnom
Kaprije je s kopnom tj. sa Šibenikom povezano trajektnom linijom i subvencioniranom brzobrodskom linijom koja prosječno vozi dva do tri puta dnevno. Za otok vozi Jadrolinijin trajekt koji osim na Kaprije ide i u Žirje, a dva puta tjedno i u Zlarin. Unatoč trajektnom povezanosti osobni automobili ne smiju na otok zbog nerazvijene infrastrukture. Na otoku postoje samo manje i uske ceste. U budućnosti se planira napraviti parkiralište te proširiti postojeće ceste.

Infrastruktura
Otok nije umrežen u regionalni sustav vodoopskrbe Šibensko-kninske županije, odnosno sjeverno-dalmatinski vodoopskrbni sustav. Voda se osigurava prikupljanjem kišnice u vlastitim vodospremama (gusternama), odnosno u sušnom razdoblju dopremom brodovima vodonoscima. U godinama kada je dolazilo do poremećaja u vodoopskrbi vodonoscima, stanovništvo i gosti bili su izloženi oskudici i mjerama prisilne štednje. Otok raspolaže i javnom (mjesnom) vodospremom, a nedavno je izgrađena nova vodosprema kapaciteta 50 vagona vode (obujma 500 m³, koja se puni vodom dovezenom vodonoscima) te mjesna vodoopskrbna mreža s oko 250 priključaka.